Sønderborg Bystation var i Sønderborg hovedstation for Amtsbanerne på Als. Den omtales også som Sønderborg Amtsbanegård.
Stationen åbnede for trafik den 6. februar 1898 og der udgik tre ruter fra stationen, til Nordborg, til Skovby og Mommark. Ved indvielsen af Kong Christian den X's Bro i 1930 mistede stationen en del betydning, da der nu var skabt direkte forbindelse fra stationen på Jyllands-siden, Sønderborg H. I 1933 blev Amtsbanerne nedlagt og DSB indførte kun forbindelse til Mommark. Imidlertid blev strækningen allerede nedlagt i 1962 og stationen fulgte med.
Opførelse af den første station påbegyndtes i juli 1897 og blev altså indviet allerede syv måneder senere. Der opstod pladsproblemer ret hurtigt og udvidelse foregik allerede i 1904 og igen i 1911. Den blev nedrevet i 1913 og året efter kunne man indvie den nuværende bygning. Benyttelse som jernbanestation stoppede i forbindelse med nedlæggelse af Mommarkbanen i 1962 og bygningen benyttes i dag som rutebilstation.