Frederikshavn station anlagt 1871 som endestation for Vendsysselbanen.

Skagensbanen var allerede i 1890 i sin smalsporede udgave (FSB)ført til Frederikshavn. I 1924 indviedes den normalsporede SB I 1899 kom Fjerritslev-Frederikshavn Jernbane (Aalborg Privatbaner til.

28. september 1979 flyttedes stationen til nuværende placering og det ny sikringsanlæg DSB type 1972 med DSI-sportavle blev ibrugtaget.