Kværkeby station etableredes i 1887 sammen med Fjenneslev og Frederikslund stationer - uden passagerekspedition, for at optimere krydsningsmulighederne på den enkeltsporede Vestbane (Roskilde-Korsør).
Efter lokale ønsker blev der dog, i forbindelse med anlægget af 2. spor på strækningen, etableret en egentlig station i 1898, og i 1954 blev stationen udvidet med en ny stationsbygning i 2 etager. I 1970 blev stationen reduceret til trinbræt, og i 1974 nedlagdes den helt. Stationsbygningen blev nedrevet i 1985.
Stationen blev genoprettet som togfølgestation i 1982.
Sikringsanlæg: