Københavns Slot blev opført samme sted som Absalons Borg, der i 1369 var blevet brudt ned af Hanseforbundet som følge af en fredsaftale, der blev indgået. Slottet lå under det nuværende Christiansborgs hovedfløj, og man fandt og udgravede ruinerne, da Christiansborg blev genopbygget i begyndelsen af 1900-tallet. Der er offentlig adgang til de udgravede ruiner.
Man ved ikke præcis, hvornår Københavns Slot blev opført, men det omtales ret kort tid efter nedbrydningen af den gamle borg, så en genopbygning er sket ret hurtigt. Det blev kongebolig, da Christoffer af Bayern flyttede til København i 1443. Allerede fra det tidspunkt blev der ændret og ombygget på slottet for at få mere plads, men det holdt sig i lang tid inden for omridset af den gamle borgmur, som havde omkranset Absalons borg.
Slottets grundplan lå altså inden for den cirkelrunde voldgrav, der havde en indre diameter på omkring 50 meter, og på den plads boede kongen med familie og hof. Hertil kom dog nogle udenomsbygninger som f.eks. en toldbod og en vagtbygning.
Konge efter konge modificerede bygningen med udbygninger, svalegange, trappetårne og andet. Christian 1. opførte og indrettede en riddersal (kaldet „Dandsesalen
“), der dog først blev fuldført af Kong Hans i 1503. Den første større udvidelse stod Christian 3. for, da han opførte et antal bygninger uden for voldgraven. Der blev opført en slotskirke, administationsbygninger, adgangsbro og havne- og værftsanlæg til flåden.
Da Christian 4. blev kronet i 1596, fejrede han det ved at forhøje og tilføje et spir på det store indgangstårn, der blev kaldt Blåtårn, og som blev kendt som fængselstårn, hvor blandt andre Leonora Christina Ulfeldt sad fængslet i 21 år. Ellers blev slottet ikke ændret så meget i den periode, men det gjorde til gengæld omgivelserne, hvor større arealer mellem holmene blev fyldt op. Herved opstod f.eks. Christianshavn, Børsen og Tøjhuset, og denne udvikling fortsatte under Frederik 3., der blandt andet opførte en del staldbygninger og et kongeligt bibliotek.
I begyndelsen af 1700-tallet byggede Frederik 4. slottet helt om. Voldgraven blev fyldt op og planeret, og slottets grundplan med alle dens kroge og udbygninger blev rettet af til en mere regulær femkantet form. Men indvendigt og i slotsgården blev det endnu mere mørkt og skummelt, og samtidigt blev det så tungt, at murene begyndte at skride ud og slå revner, så hans efterfølger Christian 6. besluttede omkring 1730 at nedrive det for at opføre et helt nyt slot: det første Christiansborg Slot.